Aunque la historia principal girará entorno al personaje de Gordon, escalando desde agente de policía a comisario de la ciudad, habrá otras tramas secundarias relacionadas con el hombre murciélago. Por ejemplo la investigación del asesinato de Martha y Thomas Wayne, la presencia del joven Bruce evolucionando en su carácter hasta convertirse en el guardián de Gotham, momento el cual, según Kevin Reilly, presidente de la FOX, la serie acabará.

Se han confirmado que aparecerán los villanos del universo Batman, aunque no han querido revelar más detalles concretos.